El segundo año se organiza por semestres y está dedicado a la elaboración de los proyectos de investigación doctoral.

Esta línea del programa formativo está compuesta de un conjunto de actividades curriculares complementarias especialmente diseñadas para ofrecer una estructura de progresión para el proyecto de tesis y acercar a las/os estudiantes a las diferentes alternativas metodológicas para su trabajo de investigación, atendiendo a los supuestos epistemológicos y explorando las metodologías en interconexión con las teorías sociológicas.

Cursos del tercer semestre:

• Curso Metodología Avanzada: Una aproximación multiparadigmática. 
• Seminario Temático de estudio de la literatura pertinente al área de investigación de el/la estudiante.

Curso del cuarto semestre:

• Taller de formulación de proyectos de investigación.

Actividades permanentes:  

• Coloquios de investigación  donde cientistas sociales nacionales y extranjeros exponen resultados de sus proyectos, en un marco abierto a la discusión. Entre los años 2016 y 2021 se han realizado 30 coloquios (más de 5 por año) cubriendo una diversidad de áreas: sociología económica, de la desigualdad, política, del sujeto, de la cultura, del conocimiento, del medio ambiente, de familia y género, de la discapacidad, teoría social y ética. Las exposiciones han abordado temas como la financialización, los créditos y el movimiento de los deudores; sociología fiscal, tributo y desigualdad en la  elite chilena; salud, educación y residencia de la clase media alta; trabajo, tiempo y constitución subjetiva; el sostenimiento social de la figura del detenido desaparecido; niñas en dictadura; multiculturalidad y convivialidad barrial;  historia social de las cuantificaciones; los Touraine Boys y el movimiento social de los pobladores; suelos degradados; energía alternativa y la relación entre expertos y comunidades; el giro social en la política energética; trayectoria de vida y bienestar de pensionados; discapacidad, interdependencia y cuidados; sufrimiento, objetividad y sociología cuidadosa.
• Coloquios doctorales son una instancia formativa y de articulación entre los doctorados UAH, que se realiza desde mayo de 2018. Son convocados por la Comisión de Doctorado y organizados por la Vicerrectoría de Investigación. Los coloquios doctorales tienen por objetivo que los/as candidatos/as a doctor/a expongan ante estudiantes de los 7 doctorados de la UAH, los proyectos de investigación que se encuentran desarrollando. Así, quienes no han iniciado su trabajo de tesis pueden visualizar el carácter y temática de estos proyectos y quienes exponen se benefician de los comentarios y sugerencias de sus compañeros/as.  Las tres versiones de estos coloquios fueron en 2018, con 11 expositores/as, 5 de ellos/as del programa en sociología;  2019 con ocho expositores/as, cuatro del doctorado en sociología. Estas dos versiones tuvieron tema misceláneo. La tercera versión, en 2020, abordó las epistemologías y metodologías feministas, contando con la asistencia de 13 doctorantes/as UAH, 5 de ellos/as del programa de sociología.
• Talleres metodológicos o de investigación (con créditos acorde a su duración): un/a investigador/a presenta procedimientos metodológicos específicos para abordar problemas complejos en un contexto que permite el debate y las consultas de los/as doctorandos/as. Algunos talleres realizados en los últimos tres años son: análisis factorial exploratorio, análisis de los aspectos sociales e históricos de la regulación pública de la electricidad, análisis de contenido.
• Talleres Metodológicos de Verano impartidos por el departamento desde 2017 y desde 2018 por todos los programas doctorales UAH y la Vicerrectoría d Investigación. El objetivo es ofrecer a los/as estudiantes doctorales UAH un espacio de formación metodológica, en técnicas y procedimientos específicos, que contribuya al desarrollo de sus tesis y a fortalecer sus competencias para diseñar, conducir y evaluar investigación social. Los/as estudiantes pueden elegir todos los talleres que les interesen y a los cuales les resulte factible asistir. Esta instancia formativa está destinada a generar competencias comunes a los/as doctorandos/as de los distintos programas, aportar a la flexibilidad de sus trayectorias formativas y a la articulación con los otros programas doctorales UAH, facilitando la interacción y comunicación horizontal entre los/as estudiantes de doctorado de toda la universidad. En las cinco versiones efectuadas se han impartido 23 talleres que han abordado aspectos relativos a la producción, uso, procesamiento y análisis de información para la investigación social. En 2018 y 2019 la oferta contempló: escritura de datos etnográficos, análisis del discurso, análisis de redes, usos de datos secundarios, análisis de video y escritura académica; en 2020 incluyó etnografía, análisis del discurso, análisis temático y escritura académica; en 2021, análisis de video, etnografía, escritura académica, análisis del discurso y análisis cualitativo; y en 2022, etnografía, análisis cualitativo, escritura académica y análisis de video.